Fue fundada en el año 955 por el califa de Córdoba, Abderramán III, que la llamó Al-mariyat que significa "Espejo del mar", para vigilar la costa con el fin de impedir el desembarco de los normandos.  Después de Córdoba, era la ciudad más influyente y próspera de la península y una de las más ricas de orbe islámico, siendo también el puerto más importante, puesto que residía el almirante de la flota, el segundo poder, con 300 naves que fondeaban en el puerto. 

El almirante más grande fue Ibn Maymun que fue envenenado por Almanzor, envidioso de su poder.  Con la desintegración del Califato de Córdoba en 1009 tras la muerte de Hixem II, Jairán se apodera de la ciudad, se independiza de Córdoba y se convierte en uno de los Reinos de Taifas más florecientes. 

En 1147 los cristianos bajo el mando de Alfonso VII tomaron la ciudad asaltando las murallas por doce puntos, provocando que 10.000 habitantes pudieran huir milagrosamente hacia Murcia y 20.000 se refugiaran en la Alcazaba, que fueron pasados a cuchillo.  Diez años después, los almohades la reconquistan.  En 1489 fue reconquistada definitivamente por los Reyes Católicos. 

En 1522 sufrió un terrible terremoto que se dejó sentir hasta en las Azores, que la devastó por completo, convirtiéndola en un solar, y siendo la principal causa de la destrucción de la totalidad de los edificios árabes, así como de la catedral antigua.